2017.04.01
這座教堂本來在1775年10月30日就已經開始動工，並由費爾曼．拉蘇恩(Fermín Lasuén)主持彌撒，但一個星期後，聖地牙哥教堂被庫梅亞艾(Kumeyaay)印地安人摧毀，這裡的士兵被召去重建聖地牙哥教堂和堡壘，神父們也跟著一起過去，這座教堂的工程因此延宕，直到一年後的1776年11月1日才再由塞拉神父親手創立。
創立之後各項建築逐漸完成，其中1782年建成的塞拉教堂是目前加州最古老的建築，也是塞拉神父曾經主持宗教儀式且還存留下來的唯一建築，他在1783年的10月12到13日共受洗了213人。1783年這座教堂也開了加州第一間釀酒廠，釀造紅酒、白酒、白蘭地和類似波特酒(port)的安潔莉卡紅酒(Angelica)。隨後的20年，這座教堂發展的很好，1794年已經有超過70棟房子，住了無數的印地安人，因此神父們決定要建一座像歐洲一樣的大教堂來服務眾多信徒。他們在1797年2月2日找了墨西哥的石造建築專家伊希卓．阿吉拉爾(Isídro Aguilár)來幫忙設計建造，他設計了很多其他加州教堂沒有的元素，其中最有特色的就是石造的圓頂。
1800年11月22日下午，聖地牙哥發生芮氏規模6.5的大地震，震裂了教堂的高牆，修復到1803年，阿吉拉爾過世，少了專家的幫忙，神父們也只能盡他們最大的能力繼續建，但也導致了每個牆面不規則，使得需要再增加一個圓頂來鞏固建築。1806年9月7日，宏偉的石教堂終於完成，慶祝的餐會連續了數日。
但在1812年12月8日聖母瑪利亞瞻禮日這天，南加州一連串的大地震發生在這天第一個禮拜時(這一天是星期日)，規模7.5的聖胡安卡皮斯特拉諾大地震震垮了中殿和鐘樓，共有42人被埋在瓦礫堆中死亡，這已經是當年第二次的災難，在當年的更早之前暴風雨和洪災才破壞了教堂和農作物。隨著時間各個建築都慢慢重建，1815年也想要重建石教堂，但因為缺乏專業人才而放棄，就一直持續至今變為遺跡。
1821年墨西哥獨立，在隨後的20年間教堂漸漸走下坡，牛隻染病死亡、芥菜籽被感染蟲害歉收、洪水和乾旱都導致了傷亡，然而最嚴重的問題是留下的西班牙人佔領了教堂的土地，使得印地安人沒有財產和工作而離開。1833年8月17日墨西哥議會通過了加州教堂世俗化法案(An Act for the Secularization of the Missions of California)，聖胡安卡皮斯特拉諾教堂則成為最先被開刀的，教堂財產在1834年8月9日就被當時的州長沒收，當聖方濟會神父和印地安人幾乎都離開後，教堂也開始走向衰敗，據統計在1840年時，還住在教堂附近的印地安人已經低於100人。
1845年在美墨戰爭爆發前夕，教堂資產更以$710美元的賤價賣給了當時州長皮歐．皮可(Pío Pico)的妹婿約翰．佛斯特(John Forster)，佛斯特和他的家族在接下來的20年都住在以前教堂神父宿舍。
1850年代，美國政府聘請了一群藝術家去太平洋沿岸和美墨邊界繪製地圖，也探勘適合的鐵路路線，這過程中開始有教堂的石版畫作出現在報告中，而最早的相片則是在1860年由德國裔的藝術家艾德華．菲舍爾(Edward Vischer)所拍，加上之前一些藝術家所畫的石教堂遺跡，都讓這座遺跡充滿了浪漫情懷，很多人將此教堂比作美國版的愛丁堡梅爾羅斯修道院(Melrose Abbey)、雅典衛城(Acropolis)和西班牙阿爾罕布拉宮(Alhambra)。
1862年教堂附近又爆發天花，使得已經為數不多的印地安人又更少了。到了1865年，林肯總統簽署了法令將加州所有的教堂歸還給天主教會，但教堂還是持續的破敗，1891年塞拉教堂的屋頂也坍塌，導致此小教堂也被完全廢棄。1894年鐵路公司在附近蓋了一座仿教堂的車站，更謠傳他們還到教堂拆遺跡的磚瓦去用。到了1895年由美國記者、歷史學家、和攝影師查爾斯．佛萊契．盧明斯(Charles Fletcher Lummis)所組成的南加州地標俱樂部(Landmarks Club of Southern California)開始為了保存教堂遺跡而努力，接下來的50年他們保存並重建了教堂建築群，清理了400頓的瓦礫、將破損的牆補好、蓋屋頂也鋪馬路。
1910年約翰．歐蘇利文(John O'Sullivan)神父來到此教堂主持，也加入重建教堂區內的各個建築，首先修的是塞拉教堂的屋頂，而教堂內華麗的神龕則是洛杉磯的大主教約翰喬．瑟夫．坎特維爾(John Joseph Cantwell)所捐，是一個400多年前在巴塞隆納製作的珍品，在1922~1924年之間安裝在教堂內。1915年一場大洪災摧毀了教堂立面，隔年的暴風雨又沖走軍營建築的一端，這些都在歐蘇利文神父的努力下整修完成，1918年此教堂被封為正式教堂，歐蘇利文神父則成為第一位負責人，直到他1933年過世(去世後他被埋在教堂墓園中)。
歐蘇利文神父去世後，接手的是對加州歷史很有興趣的神父亞瑟．胡琴森(Arthur J. Hutchinson)，他主要的貢獻是募款繼續維護教堂建築，並開始考古挖掘文物的工作直到他1951年去世。後面接手的神父們也持續的維護教堂建築至今，也因為他們的努力，每年吸引了大約50萬的遊客到此參觀。
這間房間建於1778年，當時是單身女子的宿舍，但因為這個位置讓村莊的男性和軍營(1791年建好)裡的士兵太容易接近，所以在1791年將女子宿舍遷到也是剛蓋好、更遠的建築裡，而這間房間也改做他用。
南翼建築的地基遺跡
下圖是早期教堂的供水水道，將附近的河水導引過來，當時使用了50年，考古學家將這段水道顯露出來展示給遊客，讓遊客知道很多水道都是通過建築地下，以方便使用。
這間房間是在1970年代，依照18世紀教堂工業區房屋的地基重建，在1970~80年代考古學家在這裡挖到兩個葡萄酒槽，一個如照片所示，另外一個在這間房間的外面。專家推測當時的人們將葡萄放到這個槽裡，然後在上面踩，把葡萄汁擠出來在順著圖片中的小孔流到外面那個槽，接著再把葡萄汁放進罐子、桶子或皮革內發酵成為葡萄酒，供宗教活動和節慶使用。
這個就是外面的葡萄酒槽
這個建於1980年的棚架是保護1790年代建築殘存的牆，讓它不會再被雨水侵蝕。
這一部分是當初教堂的外部廚房，當時住在教堂的印地安婦女會在此煮飯給龐大的教堂居民和服務人員(約1000人)吃，當時的早晚餐是吃玉米或小麥粥而中餐是吃肉和蔬菜湯。
這一區是打造工具的區域，這些熔爐用來鎔化礦石來做工具、硬體設施和農場器械。
展示教堂所種的作物
這兩個長方形的槽在1940年代的挖掘中出土，是當初用來鞣(tanning)皮革用的，兩個槽中間的溝槽是用來連結鍋爐附近的小槽，只是這些小槽至今仍不知作用是甚麼。
註：鞣是將動物毛皮加上化學物質使其變得耐用不易腐壞的過程。
處理羊毛和製作衣服及毯子的地方
下圖兩個鍋子是用來處理動物油脂，並拿來製作肥皂和蠟燭。
下圖中間偏右在拱門內的房間是紀念里昂．雷尼(Leon René)，他是創作名曲"當燕子再度回到卡皮斯特拉諾"(When the Swallows Come Back To Capistrano)的作曲家，在1939年3月19日，當他聽到廣播宣布說燕子又回到聖胡安卡皮斯特拉諾教堂築巢時，他跟他的妻子說這會是一個很好的曲名，很快地他創作的這首歌曲就紅遍大街小巷，也讓他成為這座城市的榮譽市民，因為他讓這座教堂、城市和燕子的傳說聲名遠播。
至於燕子築巢的傳說則是1910~1933年在此教堂服務的神父約翰．歐蘇利文(John O'Sullivan)所說的故事。有一天，當他在小鎮裡散步時，看到一家商店主人正拿著棍子將屋簷下燕子的巢打下，燕子在附近著急的飛舞，他問商店主人為什麼要打下來，這樣燕子要住哪?但商店主人回說這種鳥很髒，而且也並不在乎燕子們要住哪。歐蘇利文神父因此對著燕子說到教堂來築巢吧!那裡有足夠的空間給你們住。結果就在隔天早上，神父看到很多燕子開始在教堂外築巢，因此人們將此視為奇蹟，在每年3月19日的聖喬瑟夫日慶祝燕子的到來。
不過在崩塌的石教堂進行穩固工程時，文物保護者將燕子巢拿掉，燕子就轉移到其他地方築巢，變成只會到教堂找尋食物。因此在2012年時，燕子專家查爾斯．布朗(Charles Brown)博士開始了吸引燕子回來的計畫，首先他用擴音器撥放公燕子求偶的聲音，雖然會吸引燕子到來，但它們還是不會在此築巢。於是在2015年布朗博士又開啟了另外一項計畫，他複製了穩固工程前的牆，並仿製燕子的巢黏在牆上，燕子本來就習慣使用已經存在的鳥巢，所以當它們注意到這些人工巢時，就開始在這裡哺育下一代，而沒有佔到人工巢的燕子也開始在這裡築巢，布朗博士的努力終於讓這些燕子順利回到教堂生活。
烤食物的窯
1783年10月12~13日，塞拉神父在現今聖胡安卡皮斯特拉諾教堂裡的塞拉教堂對213個人施堅信禮(Confirm)，這是塞拉神父曾主持儀式的教堂中，在加州唯一有保留下來的。
天花板的10根樑是原本的，教堂之所以窄，就是根據天花板的樑長度所決定。
聖壇風格是17-18世紀聖方濟會巴洛克風格，用1806年從巴塞隆那運過來的櫻桃木所做成。神像台是用196個手刻零件組合而成，裡面的聖像分別是聖胡安卡皮斯特拉諾(San Juan Capistrano)、聖方濟各(San Francisco de Asis)、大天使聖米格爾(San Miguel Archangel)、聖佩德羅(San Pedro)和聖克拉拉(Santa Clara)。
這兩座較大的鐘是複製品，原品現在展示在被地震震壞的石頭教堂旁，位置是當初鐘樓的所在地。
鐘樓垮了所以鐘就以現在的形式掛在這裡
這座教堂本來被稱為"教堂群中的瑰寶"(Jewel of the Missions)，因為在當時1806年完工時(建了九年)，這座用石頭建成的教堂相當時髦，如建築學上的寶石般絢麗，當時在加州西海岸的所有教堂在規模和美學方面都沒辦法和它相比，可惜的是它敵不過1812年的大地震，不過光看遺跡還是多少能想像當初的宏偉壯麗。
塞拉神父紀念像
