1769年塞拉神父在加州各地尋找適合建立教堂的位置，本來在此地要建立加州第3座教堂，但因為當時的西班牙國王改變殖民政策，認為讓印地安人信教並為西班牙工作沒有比都是西班牙人開墾來的好，塞拉神父雖然不認同，但也因為當時缺少士兵防衛教堂，這座教堂的興建就此擱置，一延就變成塞拉神父建立的第9座教堂，也是他生前最後一座。
1782年3月，塞拉神父帶著佩德羅．貝尼托．坎邦(Pedro Benito Cambón)神父、8名士兵和其眷屬、無數的趕騾人、當時的州長和其10名衛兵從聖加百列教堂出發，在31日在抵達聖芭芭拉海峽旁的海灘，立起了十字架並舉行彌撒，宣布聖布埃那文圖拉教堂的成立，而坎邦神父則被留下來興建及經營此教堂，大約在1784年蓋好第一座教堂，在他的努力經營下，這座教堂很快就變得很繁榮。當時他建造了一條長達12公里的灌溉水道，教堂也因此可以種植豐富的作物和水果，喬治．溫哥華(George Vancouver)船長造訪這裡時曾說教堂的花園是他見過最漂亮的。
1793年溫哥華船長又到此購買物資，記載共用了20隻驢子裝載農產品到他的船上。1794年教堂被燒毀，重建到1795年只完成了一半，工程就大幅的延宕，直到1809年9月9日才落成。現在教堂大門是複製品，門上的曲線代表"生命河流"，拱門的形式屬於摩爾式(Moorish)風格，兩條斜線代表的是分別流過教堂兩旁的文圖拉和聖克拉拉河，最上面的設計則是代表教堂附近的群山。
1812年12月21日在聖芭芭拉海峽發生規模7級的大地震，教堂被震波和隨之而來的海嘯破壞，鐘樓也倒塌了，當時住在教堂區的居民因為害怕逃到附近的小山丘住了3個月，等他們回來後，花了一年才修復震壞的教堂。到了1816年，教堂達到歸化印地安人數量的最高峰，共1328人。
1818年10月，法國著名海盜希波萊特．伯查德(Hyppolite de Bouchard)從夏威夷航行到加州，當時他攻入蒙特利的堡壘，並放火把堡壘燒掉，但他最終跳過聖芭芭拉堡壘，轉而攻擊理富希奧峽谷(Refugio Canyon)裡的奧爾特加(Ortega)農場，但堡壘的指揮官卡洛斯．安東尼奧．卡里羅(Carlos Antonio Carrillo)切斷了峽谷的出口，並俘虜了一些海盜，後來伯查德安排了人質交換後，就離開繼續攻擊其他地方了。因為海盜出沒，當時在此教堂的神父何塞．塞南(José Señan)在11月命令所有人帶著貴重物品到附近的山丘躲藏，直到12月31日等危險過了才回到教堂。
大約1819年，莫哈維(Mojave)印第安部落的人到教堂交易，但西班牙士兵不允許並將這些印地安人關起來，隔天早上因而發生衝突導致12人死亡，從此以後莫哈維印地安人對教堂就充滿敵意、衝突不斷。
1834年墨西哥政府頒布教堂世俗化法令(Secularization Laws)，加州的西班牙教堂開始走向衰敗。1845年，教堂財產被出借給何塞．阿爾納茲(José Arnaz)和納西索．伯特略(Narciso Botello)，合約是寫出借9年，但後來的州長皮歐．皮可(Pio Pico)非法將教堂財產賣給阿爾納茲，並將賣得的錢據為己有。
大約1859年，舊金山大主教喬瑟夫．沙多克．阿萊馬尼(Joseph Sadoc Alemany)要求美國政府將教堂歸還給天主教會，直到1862年5月23日林肯總統才簽署法令將加州所有的西班牙教堂財產歸還給天主教會。
1878~1895年，在卡普里昂．羅比歐(Caprion Robio)神父的主持下，將窗戶拉長並加上彩繪玻璃，還把早期教堂內部的早期裝飾用白漆塗掉，因此他被稱作現代化神父，他的所有修改都在1957的教堂復興運動中被改回來，1976年整個教堂的屋頂都被移除重建，並重新舉行聖化儀式。
這兩座用桃花心木所做的鐘是這座教堂最特別的文物，也是加州21座西班牙教堂中唯一有木鐘的，甚至有學者的研究說這是世界上唯一的木鐘。原本在教堂的鐘樓有3座木鐘，都沒有鐘舌，但在內部有兩片相對的金屬片，一般認為以前的人們是拿棒子敲打鐘內的金屬而發出聲音。派翠克．歐布萊恩(Patrick J. O'Brien)神父就曾說到他無法想像以前的教堂附近有多安靜，用這種木鐘就可以讓周遭居民聽到鐘聲。研究認為它們大約製作於1861~1862年。
教堂全盛時期的模型
告解室
原本教堂的大門
以前教堂圖書館的一部分
教堂內的主神龕是原始教堂的，中間的聖布埃那文圖拉像是1808年從菲律賓運來的，據傳已經有400年歷史。兩旁是聖母瑪麗亞和耶穌的父親聖喬瑟夫，不過我去的時候聖喬瑟夫像不在神龕上。聖布埃那文圖拉是1221年出生在北義大利的托斯卡尼，他後來成為聖方濟會的第七任會長、樞機主教和巴黎大學的教授，去世於1274年，他因其完備的品德，被尊稱為"色勒芬天使博士"(Seraphic Doctor)。
這座小神龕中間的瓜達露佩聖母像是佛蘭西斯可．卡布瑞里(Francisco Cabrere)於1747年所畫。其他的雕像由左至右分別是聖多明尼克(St. Dominic)、聖格特魯德(St. Gertrude)、聖伊西多祿(St. Isidore)和聖方濟各。
耶穌受難像也是1808年從菲律賓運來的，據傳已經有400年歷史。其他的雕像由左至右分別是聖安東尼．巴都亞(St. Anthony of Padua)、七苦聖母、聖約翰和聖湯瑪士．阿奎納(St. Thomas Aquinas)。
註：聖湯瑪士．阿奎納是聖布埃那文圖拉的友人，兩人一起取得神學博士學位，是《神學大全》的作者，1274年去世後，因為他為人處世表現出很好的教養、溫文爾雅，而且令人如沐春風，獲得了教會賜予的「天使博士」(Angelic Doctor)的頭銜。但丁在《神曲》中將阿奎那布置在第四層天堂，與其他偉大的宗教思想家並列一堂。
教堂後方無窗戶的告解室跟一般的告解室不同。
教堂外和禮品店之間是此教堂的花園。
花園內的聖母瑪麗亞聖壇
榨橄欖油的磨坊(複製品)
坎邦神父於1782年開始建造此教堂的水利系統，他建了一條12公里的水道將河水引到教堂，用於農業灌溉和教堂用水，並建了兩個濾水系統，圖片中的小磚房就是其中一個，這個水利系統一直用到1860年代才廢棄。
