大天使聖拉斐爾教堂是21個教堂中，三個以大天使為名的教堂之一，他名字的意義為"療癒之神"，所以很多醫院會以他做為守護神。
大天使聖拉斐爾教堂本來只是聖方濟各(San Francisco de Asis)教堂的附屬醫院，因為聖方濟各教堂所在的區域全年氣候潮濕、多霧風也大，導致在那生活的印地安人很容易生病，所以神父想要找一個陽光充足，較適合居住的地方安置這些病人。最後他們找到在教堂北方，橫跨舊金山灣一個東邊有山丘的地點建醫院。
當時醫院由四個神父納西索．杜蘭(Narciso Duran)、拉蒙．阿貝拉(Ramon Abella)、路易斯．吉爾/塔波阿達(Luís Gil y Taboada)和維森鐵．薩利亞(Vicente Sarría)在1817年12月14日建立，選了療癒之神聖拉斐爾做為守護神，也以他的名字為醫院命名。成立當天，有26個印地安人受洗，200多個印地安人願意遵循神父的信仰指導，一年之後，附近歸化的印地安人加上病人，有大約300個印地安人住在這裡。
做為附屬醫院，這裡的建築不像其他教堂宏偉，只有一棟長27公尺，寬13公尺的建築，被分做醫院、小教堂、商店和神父的住所。這裡也不像其他教堂有鐘樓，只有掛在門前木框上的鐘，也沒有像其他教堂一樣建成四合院。
醫學知識較豐富，也很會多種印地安語言的吉爾神父後來被指派為這裡的負責人。到了1819年，在吉爾神父的關懷照顧下，生病的人都漸漸康復，不過吉爾神父卻開始疾病纏身，他因此被派到其他教堂休養，取而帶之的是神父胡安．阿莫洛斯(Juan Amoros,1773-1832)。阿莫洛斯神父不但學養豐富，也很受當地居民和印地安人的愛戴，他在醫院旁開墾葡萄園和果園，而且果園種出的西洋梨遠近馳名。此外，他還成立了一個造船廠，對來往隔著舊金山灣的聖方濟各教堂來說，是很重要的產業。由於阿莫洛斯神父對印地安人的關心照顧，依附的居民越來越多，因此在1822年時，醫院正式升格成教堂，1828年時，這個社區已經有1140人居住於此。
大天使聖拉斐爾教堂也和更北邊的索蘭諾的聖佛蘭西斯教堂(San Francisco Solano)一樣，肩負監視北方俄羅斯人在羅斯堡(Fort Ross)的活動，因此這裡是很多西班牙士兵前往北方的休息站，這些士兵也會為教堂站崗，防止未歸化印地安人的攻擊，當時有個名叫馬利安(Marin)的印地安人，本來被阿莫洛斯神父受洗成為教徒，但後來卻跟另一個叫昆丁(Quintin)的印地安人一起作亂，給神父製造很多麻煩，最終馬利安還是歸化並住在教堂直到1834年去世，因此加州命名此教堂所在的縣為馬利安縣(Marin County)，而命名惡名昭彰的監獄為聖昆丁(San Quintin)監獄。
1829年2月，一直在預防的印地安人攻擊成真，歸化的印地安人組成一個人肉盾牌保護阿莫洛斯神父的安全，並將他藏在沼澤裡而救了他一命。在激烈的衝突後，教堂被嚴重損毀而必須重建，重建之後的教堂，發展仍繼續增長，但服務13年的阿莫洛斯神父，也開始生病，於1832年與世長辭。阿莫洛斯神父在這教堂服務的任期中，幾乎都是單獨一人負責所有事務，也讓此教堂周遭蓬勃發展，為感念他的貢獻，他被埋葬在此教堂。
1832年是大天使聖拉斐爾教堂的巔峰時期，可以生產70多萬公升的穀物和水果，養了5500隻牲畜。然而，墨西哥獨立後的法律替換了所有西班牙出生的神父，在1832年，墨西哥神父何塞．摩卡度(Jose Mercado)被指派取代去世的阿莫洛斯神父，也是一切災難的開始。在一次事件中，他認為有一群拜訪的印地安人偷東西而武裝周遭的印地安居民，卻攻擊另一群造訪的印地安人，造成21個人死亡，因為此事件，摩卡度神父被放逐到索勒戴德(Soledad)教堂，但他對大天使聖拉斐爾教堂周遭的社區傷害，已經造成嚴重影響。
1834年，西班牙教堂被墨西哥政府去神聖化(secularization)，此時期管理上加州軍隊的是馬利安諾．瓦列霍(Mariano Vallejo)將軍，他在任職期間漸漸越來越了解教堂的運作，除此之外他很熟悉所有去神聖化法律的漏洞，其中一條為神父不再有權利管理印地安人，而印地安人的土地只要不耕作就不屬於他們的，因此瓦勒喬沒收了很多沒在耕作的土地做為他自己的私人財產，也接收了很多原本屬於教堂的器具和補給，甚至是印地安人也被他收管到他在索諾瑪(Sonoma)的牧場工作，他甚麼都沒留給教堂，連果樹和葡萄藤蔓全被挖起來種到他自己的牧場裡。
到了1840年，只剩下150個印地安人還留在這；1844年，教堂就完全被廢棄了；1846年以僅僅8000美元售出(但之後美國接收加州後，認為此交易不合法)。1846年美墨戰爭時，於年底美國軍隊隊長約翰．艾里蒙特(John C. Eremont)將此作為基地中心(1846-1848美墨戰爭，美國由於瓜達洛普-伊達爾戈條約獲得加州)，1855年，美國政府歸還6.5畝的土地給教堂，此時教堂已經成為廢墟；1860年曾經多產的果園被流浪漢佔領；1870年，最後一塊教堂的黏土磚被移除以擴張城市聖拉斐爾。直到1909年，Native Sons of the Golden West這個團體的努力下，才在教堂的原址立一個鐘紀念。
在1949年於原址重建教堂的過程中，湯瑪士．甘迺迪(Thomas Kennedy)嫁接了當初教堂果園裡唯一剩下的西洋梨樹於此，用以紀念胡安．阿莫洛斯神父當初教化印地安人的努力。
從1817教堂興建到1861教堂被夷為平地，沒有任何的畫作描繪這座教堂長甚麼樣子，因此1949年威廉．藍道夫．赫斯特(William Randolph Hearst)基金會捐款$85000重建時，到處尋找教堂原貌的畫作，最後採用菲力克斯．阿德里安．雷納德(Felix Adrian Raynaud)於1880左右所畫的明信片當作重建範本。而這張明信片也很像1877年，將軍馬利安諾．瓦列霍應他朋友愛德華．威雪(Edward Wisher)要求，所畫出來的素描。
 |
| 菲力克斯．阿德里安．雷納德所繪明信片 |
 |
| 馬利安諾．瓦勒喬和愛德華．威雪所繪素描 |
註：苦路指天主教的一種模仿耶穌被釘上十字架過程重現的宗教活動，也稱之為「拜苦路」，主要進行於四旬期間。17世紀時方濟會士聖利安納(St.Leonard Of Port Maurice)開始宣揚拜苦路的敬禮，最後在1731年教宗克勉十二世(Clement XII)確定14處地方為苦路地方和敬禮儀式，已故教宗若望．保祿二世曾重編拜苦路內容，重編內容包括了紀念主的復活。
 |
| 左: 1-比拉多審判基督; 右: 2-基督背負十字架 |
 |
| 左: 3-基督第一次被十字架壓倒; 右: 4-基督遇見母親 |
 |
| 左: 5-西滿邦基督背十字架; 右: 6-聖婦為基督擦拭面容 |
 |
| 7-基督第二次被十字架壓倒 |
 |
| 8-背十字架的基督勸慰悲痛婦女們 |
 |
| 左: 9-基督第三次被十字架壓倒; 右: 10-基督被剝掉衣服 |
 |
| 左: 11-基督被釘十字架; 右: 12-基督死於十字架 |
 |
| 左: 13-聖母懷抱基督屍體; 右: 14-基督被埋葬 |
 |
中間雕像是大天使San Rafael; 左邊是聖母(Virgin of Guadalupe); 右邊是聖約瑟夫(Saint Joseph)
|
教堂旁邊有間小小的博物館和紀念品店。
 |
| 教堂最古老的鐘，神父阿莫洛斯於1820年製作並放置於此，現在外面掛的三個鐘都是仿製品 |
現今聖拉斐爾教區的教堂於1919年興建在此間樸素教堂的隔壁。
